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厚生労働省は、医療機関に対する電子処方箋管理サービス導入費用の補助について、2026年9月30日までとしていた導入期限を「2027年3月31日」まで延長することを決め、9月29日付事務連絡で日医など関係団体に周知した。補助金の申請期限は2027年9月30日を予定している。
電子処方箋の導入補助は、電子カルテを改修し電子処方箋システムを初期導入した場合、診療所に対して27.1万円（院内処方機能を同時導入する場合は35.9万円）を上限に、病院に対しては135.3万円（同169.6万円）を上限に、大規模病院に対しては200.7万円（同247.7万円）を上限に補助するもの。
厚労省は、医療機関について補助対象とする導入期限を延長する一方で、薬局の導入期限は2026年9月までで終了とした。
9月30日付事務連絡では、電子カルテ、電子処方箋管理サービス、電子カルテ情報共有サービスの一体的導入の普及促進を進める観点から、厚労省では現在、①同省が認証したクラウドネイティブ型電子カルテ製品の導入支援、②政府の医療DXサービスへの接続機能を有する「パッケージ版電子カルテ製品」の導入支援（電子カルテ更改時）─の2027年度実施を検討していると説明。補助金の利用を検討する際は、これらを考慮の上、電子カルテの導入・更新の計画を検討してほしいと呼びかけている。