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百日咳は百日咳菌（Bordetella pertussis）が気道粘膜で増殖し産生する毒素（pertussis toxin：PT，filamentous hemagglutinin：FHAなど）によって起こる感染症である。一部はパラ百日咳菌（B. parapertussis）も原因となる。感染経路は飛沫および接触感染で，潜伏期間は5～21日間とされる。以前は感染症法5類小児科定点把握疾患となっていたが，国内の疫学調査で成人例の報告の増加により，2018年1月1日以降は感染症法5類全数把握疾患となっている1）。届出は下記の症状を呈し何らかの検査法（分離同定，核酸増幅法，イムノクロマト法，抗体検出）で百日咳診断された者（死体を含む）を7日以内に届け出ることとなっている1）。学校や地域での集団発生も報告されている2）。
乳児期早期でワクチン未接種例が，最も典型的な症状を呈する。病期は，カタル期，痙咳期，回復期の3つにわけられる。カタル期は，上気道症状（咳嗽，鼻汁など）から発症し，1～2週間の間にしだいに咳嗽が悪化する。その後，連続性の咳嗽〔staccato（スタッカート）〕が発作的にみられる。吸気時に笛声〔whoop（ウープ）〕を伴う特徴があり，staccatoとwhoopを繰り返す発作をレプリーゼ（痙咳期の咳発作）と言う。全体で3週間程度増悪し，その後8週間程度持続して，しだいに改善傾向を示す。これを回復期と呼ぶが，この期間も比較的長く経過し最長6週間ほど持続する。咳嗽に伴う嘔吐やチアノーゼを呈する場合もある。発熱はあっても微熱程度のことが多い。合併症に無呼吸や肺炎，痙攣，脳症などがある。肺高血圧症や臓器不全に至る重症例もある。乳児期以降の百日咳も主症状は咳嗽であるが，軽症例が多い。咳嗽の期間は症例にもよるが遷延し，慢性咳嗽の原因のひとつでもある。
