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感染性咳嗽の多くは急性上気道感染症であり，その原因微生物はウイルスが多くを占める。急性気管支炎ではウイルスに加えて，マイコプラズマ，百日咳，クラミジアなどの細菌の関与がある。肺に基礎疾患を有する症例では，細菌の関与も強くなる。
急性上気道炎患者の咳症状の持続期間を検討した報告では，気道感染症による咳嗽のほとんどは8週以内に軽快している。ただし，新型コロナウイルスでは罹患後症状として咳嗽が長引くことをしばしば経験する。また，ウイルス感染を契機に，慢性咳嗽の原因となる疾患が誘発されることも，実臨床ではしばしば経験する。